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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Milho e Sorgo. |
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Data corrente: |
23/01/2006 |
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Data da última atualização: |
29/05/2018 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
MOTA, F. F. da; GOMES, E. A.; PAIVA, E.; SELDIN, L. |
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Afiliação: |
ELIANE APARECIDA GOMES, CNPMS; EMBRAPA-CNPMS. |
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Título: |
Assessment of the diversity of Paenibacillus species in environmental samples by a novel rpoB-based PCR-DGGE method. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
FEMS Microbiology Ecology, Amsterdam, v. 53, n. 2, p. 317-328, 2005. |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
A specific PCR system based on the gene encoding the RNA polymerase beta subunit, rpoB, was developed for amplification and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) fingerprinting of Paenibacillus communities in environmental samples. This gene has been previously proven to be a powerful identification tool for the discrimination of species within the genus Paenibacillus and could avoid the limitations of 16S rRNA-based phylogenetic analysis. Initially, the PCR system based on universal rpoB primers were used to amplify DNAs of different Paenibacillus species. A new reverse primer (rpoBPAEN) was further designed based on an insertion of six nucleotides in the Paenibacillus sequences analyzed. This semi-nested PCR system was evaluated for specificity using DNAs isolated from 27 Paenibacillus species belonging to different 16S rRNA-based phylogenetic groups and seven non-Paenibacillus species. The non-Paenibacillus species were not amplified using this PCR approach and one group of Paenibacillus species consisting of strains without the six-base insert also were not amplified; these latter strains were found to be distinct based on 16S rRNA gene phylogeny. In addition, a clone library was generated from the rpoB fragments amplified from two Brazilian soil types (Cerrado and Forest) and all 62 clones sequenced were closely related to one of the 22 sequences from Paenibacillus previously obtained in this study. To assess the diversity of Paenibacillus species in Cerrado and Forest soils and in the rhizosphere of different cultivars of maize, a PCR-DGGE system was used. The Paenibacillus DGGE fingerprints showed a clear distinction between communities of Paenibacillus in Forest and Cerrado soils and rhizosphere samples clustered along Cerrado soil. Profiles of cultivars CMS22 and CMS36 clustered together, with only 53% of similarity to CMS11 and CMS04. The results presented here demonstrate the potential use of the rpoB-based Paenibacillus-specific PCR-DGGE method for studying the diversity of Paenibacillus populations in natural environments. MenosA specific PCR system based on the gene encoding the RNA polymerase beta subunit, rpoB, was developed for amplification and denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) fingerprinting of Paenibacillus communities in environmental samples. This gene has been previously proven to be a powerful identification tool for the discrimination of species within the genus Paenibacillus and could avoid the limitations of 16S rRNA-based phylogenetic analysis. Initially, the PCR system based on universal rpoB primers were used to amplify DNAs of different Paenibacillus species. A new reverse primer (rpoBPAEN) was further designed based on an insertion of six nucleotides in the Paenibacillus sequences analyzed. This semi-nested PCR system was evaluated for specificity using DNAs isolated from 27 Paenibacillus species belonging to different 16S rRNA-based phylogenetic groups and seven non-Paenibacillus species. The non-Paenibacillus species were not amplified using this PCR approach and one group of Paenibacillus species consisting of strains without the six-base insert also were not amplified; these latter strains were found to be distinct based on 16S rRNA gene phylogeny. In addition, a clone library was generated from the rpoB fragments amplified from two Brazilian soil types (Cerrado and Forest) and all 62 clones sequenced were closely related to one of the 22 sequences from Paenibacillus previously obtained in this study. To assess the diversity of Paenibacillus species in Cerrado an... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cerrado soil; Diversity; Forest soil; Maize rhizosphere; PCR-DGGE; RpoB. |
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Thesaurus Nal: |
Paenibacillus. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Milho e Sorgo (CNPMS) |
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| Registros recuperados : 303 | |
| 1. |  | GOMES, E. A. S.; OLIVEIRA, M. do S. P. de. Avaliação de frutos de tucumã (Astrocaryum sp) oriundos de coletas no estado do Piauí, Brasil. In: SEMINÁRIO CIENTÍFICO DA UFRA, 7.; SEMINÁRIO [DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA] DA EMBRAPA AMAZÔNIA ORIENTAL, 13.; SEMINÁRIO DE PESQUISA DA UFRA, 1., 2009, Belém, PA. Pesquisa e desenvolvimento tecnológico na formação do jovem cientista: anais. Belém, PA: UFRA: Embrapa Amazônia Oriental, 2009. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Amazônia Oriental. |
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| 3. | | MOTA, F. F.; GOMES, E. A.; MARRIEL, I. E.; PAIVA, E.; SELDIN, L. Análise das comunidades bacterianas presentes nas rizosferas de variedades de milho sensíveis e tolerantes ao alumínio plantadas em solo de cerrado. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 26.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 2.; SIMPÓSIO SOBRE COLLETOTRICHUM GRAMINICOLA, 1., 2006, Belo Horizonte, Inovação para sistemas integrados de produção: trabalhos apresentados. [Sete Lagoas]: ABMS, 2006. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 4. | | CAVALCANTE, A. C. de S.; SANTOS, E. C. T. dos; GOMES, E. A.; FERNANDES, M. F. Alternativas de cultivo para incremento da contagem viável de bactérias do solo. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 30.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 14.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 12.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 9.; SIMPÓSIO SOBRE SELÊNIO NO BRASIL, 1., 2012, Maceió. A responsabilidade socioambiental da pesquisa agrícola: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2012. 1 CD-ROM. Fertbio 2012.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 9. | | GOMES, E. A.; SILVA, U. C.; LANA, U. G. de P.; MARRIEL, I. E. Avaliação do potencial de solubilização de fosfato de ferro in vitro por bactérias e fungos do solo. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 28.; SIMPÓSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA DO CARTUCHO, 4., 2010, Goiânia. Potencialidades, desafios e sustentabilidade: resumos expandidos... Sete Lagoas: ABMS, 2010. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 10. | | SILVA, U. C.; GOMES, E. A.; LANA, U. G. de P.; MARRIEL, I. E. Prospecção de comunidades bacterianas do solo para o aproveitamento agrícola de fosfatos de rocha. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2010. 1 CD-ROM. FertBio 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 13. | | GOMES, E. A.; CASTANHEIRA, A. L.; SOUZA, I. R. P. de. Metabolismo, fisiologia e variabilidade genética de espiroplasmas, com ênfase em Spiroplasma kunkelii. In: OLIVEIRA, C. M. de; SABATO, E. de O. (Ed.). Doenças em milho: insetos-vetores, molicutes e vírus. Brasília, DF: Embrapa, 2017. cap. 4, p. 55-70. il. color. Texto em português e inglês. Título equivalente: Metabolism, physiology and genetic variability od spiroplasmas, with emphasis on Spiroplasma kunkelii.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 15. | | SILVA, U. C.; GOMES, E. A.; LANA, U. G. de P.; MARRIEL, I. E. Potencial de solubilização de fósforo in vitro por isolados fúngicos do solo. In: REUNIÃO BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO E NUTRIÇÃO DE PLANTAS, 29.; REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICORRIZAS, 13.; SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA DO SOLO, 11.; REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA DO SOLO, 8., 2010, Guarapari. Fontes de nutrientes e produção agrícola: modelando o futuro: anais. Viçosa, MG: Sociedade Brasileira de Ciência do Solo, 2010. 1 CD-ROM. FertBio 2010.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 19. | | CAMPOLINO, M. L.; LANA, U. G. P.; COELHO, A. M.; GOMES, E. A.; SOUSA, S. M. Diversidade genética da comunidade de microrganismos da rizosfera de genótipos de milho e sorgo cultivados em condições de campo sob diferentes fontes e níveis de fósforo. In: SIMPÓSIO DE MICROBIOLOGIA DA UFMG, 4., 2017, Belo Horizonte. Metabolismo microbiano: saúde, ambiente e biotecnologia: resumos. Belo Horizonte: UFMG, 2017. p. 46.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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